Sehubungan dengan pengawasan penerbangan dalam negeri, Departemen Perhubungan (Dephub) mengumumkan akan mencabut 30 Surat Ijin Maskapai Penerbangan di Indonesia karena tidak memenuhi ketentuan yang berlaku. Ketentuan mengacu pada Keputusan Menteri No.25/2008 tentang kewajiban menjalankan usaha penerbangan.
Maskapai Penerbangan terancam akan dicabut ijinnya, bila hingga bulan Juni 2009 tidak dapat menerbangkan pesawatnya sesuai ijin yang dimiliki. Ketigapuluh maskapai penerbangan itu terdiri dari 17 maskapai berjadwal dan 13 maskapai tidak berjadwal ( carter ).
Nama-nama maskapai penerbangan yang ijinnya terancam dicabut adalah :
Maskapai Berjadwal
01.PT. Golden Air
02.PT. Asia Avia Megatama
03.PT. Bali International Air Service
04.PT. Eka Sari Lorena Airlines
05.PT. Star Air
06.PT. Air Paradise International
07.PT. Indonesian Airline Avi Patria
08.PT. Bayu Indonesia
09.PT. Bouraq Indonesia
10.PT. Seulawah Nad Air
11.PT. Top Sky International
12.PT. Jatayu Gelang Sejahtera
13.PT. Efata Papua Airlines
14.PT. Deraya
15.PT. Pelita air Service
16.PT. Eagle Air Transport
17.PT. Adam Skyconnection Airlines
Maskapai Tidak Berjadwal ( Carter )
01.PT. Bali International Air Service
02. PT. Nurman Avia Indopura
03.PT. Buay Air Service
04.PT. Prodexim
05.PT. Aviasi Upata aksa Indonesia
06.PT. Adi Wahana Angkasa Nusantara
07.PT. Daya Jasa Transindo Pratama
08.PT. Nusantara Air Carter
09.PT. Sky Aviation
10.PT. Love Air Service
11.PT. Pegasus Air charter
12.PT. Janis Air Transport
13.PT. Air Maleo
Namun Dephub masih memberi kesempatan untuk maskapai penerbangan yang memegang ijin berjadwal untuk menurunkan kapasitas ijinnya menjadi tidak berjadwal. UU No.1/2009 memberi peluang mereka tetap dapat beroperasi asalkan memiliki minimal tiga pesawat dan menjadi maskapai penerbangan tidak berjadwal. Sedangkan persyaratan untuk penerbangan berjadwal minimal memiliki sepuluh pesawat.